Selon la légende, la cité existait déjà au premier millénaire av. J.-C. Cependant, les plus vieux manuscrits qui y ont été découverts ne datent que du 5e siècle.
La Tour de la Vierge est construite au 6e siècle. À partir du 7e siècle, les Arabes y instaurent l'Islam et y bâtissent des mosquées. Néanmoins, au 10e siècle, la dynastie locale des Shirvans rétablit l'indépendance et règne de nouveau sur la nation afghane.
Les Mongols saccagent la ville au 13e siècle mais ceux-ci ne règnent pas longtemps sur la région car les tribus musulmanes Salavides prennent le pouvoir en 1540.
Par la suite, le tsar Pierre 1er de Russie conquiert la cité en 1723. Peu de temps après, en 1735, la Perse occupe Bakou qui devient alors temporairement un « khanat », c'est-à-dire une partie de l'Empire perse. Puis l'empire russe, qui n'accepte pas sa défaite, mène une longue bataille et finit par reprendre la région en 1840.
Après la Révolution russe de 1917, la ville passe successivement sous la domination turque puis britannique, avant d'être réintégrée à l'URSS en 1920. L'indépendance d'Azerbaïdjan, acquise en 1991, est précédée d'une lutte sanglante entre la population et l'Armée rouge.
La cité fortifiée de Bakou renferme de vieilles résidences, égayées par de petits jardins et reliées par des ruelles étroites et entrecroisées. Elle contient également un grand nombre d'édifices grandioses, comme le palais des Shahs shirvans datant du 7e siècle et maintes fois rénové.
Nombre de ses hammams sont remarquables : celui de la Tour de la Vierge (édifié au 16e siècle), celui de Gasim Bey (datant du 17e siècle) et le hammam des anciens remparts.
Les caravansérails sont pour la plupart transformés et affectés à d'autres fonctions. Par exemple, le « Multani » qui a été fondé au 14e siècle et qui est devenu un célèbre restaurant.
L'ancienne ville abrite plusieurs mosquées difficiles à repérer, car souvent elles sont incorporées à des résidences privées. Néanmoins, trois édifices munis de minarets se démarquent des autres : la mosquée de Mohammed, la mosquée de Baylar et la mosquée du Vendredi.
Le premier puits pétrolier du monde est foré à Bakou en 1848. La cité connaît alors un formidable essor économique dû au développement de la production d'hydrocarbures. La Commune de Bakou est établie en 1918.
La cité fortifiée de Bakou est sévèrement endommagée depuis le séisme de novembre 2000. Elle est également menacée par l'urbanisation croissante de la ville moderne et se détériore peu à peu, faute d'entretien. L'UNESCO a décidé de l'inscrire en 2003 sur la liste du Patrimoine mondial en Péril et collabore avec les autorités azerbaïdjanaises afin de mettre en place le financement des plans de préservation.
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