C'est le roi Christian IV de Danemark qui en a décidé la construction en 1626, avec le bâtiment au retranchement dans la partie nord du mur de défense de Copenhague. Le projet était grandiose au départ, puisqu'il était prévu aussi d'y bâtir un château pour que le roi puisse y vivre, mais il a été fort restreint pour cause de contraintes économiques. Frederik III de Danemark, le successeur continuera pourtant les travaux. Lorsque le siège suédois à Copenhague prit fin (1658-1660), l'ingénieur hollandais, Henrik Rüse, fut appelé pour assurer l'aménagement du site. C'est ainsi que la fortification est nommée « Citadelle Frederikshavn », mais elle est plus connue sous le nom de « Kastellet », signifiant : la citadelle. Kastellet est rénovée entre 1989 et 1999, grâce au mécénat de la fondation A.P. Møller et de sa femme Chastine Mc Kinney Møller.
La Citadelle est composée de 5 bastions : le Bastion du Roi (Kongens Bastio), le Bastion de la Reine (Dronningens Bastion), le Bastion du Comte (Grevens Bastion), le Bastion de la Princesse (Prinsessens Bastion) et le Bastion du Prince (Prinsens Bastion). Elle dispose de sa propre église ainsi que de son propre moulin. Sa propre prison se trouvait même à côté du temple et les détenus pouvaient suivre le déroulement des messes grâce à des ouvertures faites dans les murs du bâtiment. Struensee, un docteur en physique ayant accompli des réformes politiques pour le pays, mais aussi fomenté un coup d'État, a attendu son exécution dans la prison de la Citadelle.
En 2004, les habitants ont célébré le jubilé des 340 ans de la citadelle. Elle est actuellement la propriété du ministère de la Défense danoise. De ce fait, elle est affectée au chef du personnel de la maison de garde danoise, au service de renseignements militaire, à l'ordre des avocats, aux juges ainsi qu'à la bibliothèque de la garnison royale. La Citadelle, qui est restée un domaine paisible et protégé, est donc à la fois : une zone militaire, un monument historique et culturel, un musée et un parc. La statue de la Petite Sirène, attraction touristique majeure de la ville, la fontaine Gefion et Langelinie sont situées non loin du site. C'est une place populaire pour les promenades par beau temps, très appréciée par les enfants pour ses animaux et ses oiseaux.
La Citadelle a joué un rôle déterminant dans la défense de Copenhague contre l'Angleterre au cours de la bataille de Copenhague en 1807.
Le peintre Danois Christen Købke (1810-1840) a grandi dans la Citadelle et a réalisé beaucoup de tableaux faisant découvrir le domaine.
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