Le parc s'étend sur 94 km2 de terres émergées et comprend la péninsule du cap Maclear et les 12 îles de la péninsule Nankhamba. En outre, le parc inclut également le lac Malawi, qui occupe à lui seul près de 30 000 km2.
Le lac (aussi appelé Nyasa ou Niassa) est le plus méridional des lacs de la vallée du rift africain. C'est le cinquième plus grand lac du monde en terme de volume, avec près de 8 000 km3 d'eau, et le neuvième en terme de surface. Sa longueur avoisine 600 km, pour une largeur oscillant entre 30 et 80 km et une profondeur moyenne d'environ 250 m, atteignant par endroits 700 m. Ses eaux sont claires et limpides et la visibilité y est excellente jusqu'à 20 m de profondeur.
Le parc national abrite près de 700 espèces de poissons dont 90 % sont endémiques. Parmi ces dernières, les Cichlidés, l'Astatotilapia colliptera, le Tilapia rendalli, les Pseudotropheus et les Labeotropheus sont particulièrement remarquables.
La faune aquatique et terrestre évolue dans différents types d'habitats, constitués par des côtes rocheuses, des plages sablonneuses, des collines boisées, des marais et d'innombrables lagunes. La pêche y est évidemment interdite, même si des prélèvements périodiques de la faune aquacole sont faits à des fins purement scientifiques.
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