L'édifice sert d'abord d'église à l'ordre des Jésuites de Salvador. Ces religieux, arrivés à Salvador au 16ème siècle, construisent une église et un collège au centre de la ville vers 1552. Puis, dans la seconde moitié du 17ème siècle, ils bâtissent une deuxième église, à proximité de la première. C'est cette seconde église qui deviendra l'actuelle Cathédrale de Salvador.
La première église est démolie en 1933 ; les vestiges de ses fondations sont encore visibles sur la Place de la Cathédrale (Praça da Sé) à Salvador.
La cathédrale est conçue dans le style maniériste, très en vogue à l'époque. Sa façade en pierre de Lioz, un marbre propre au Portugal, rappelle celles des églises contemporaines portugaises telles la cathédrale de Coimbra au Portugal. Le pignon est décoré de volutes, des éléments typiques du style maniériste. La cathédrale est embellie par deux tourelles et par trois portails ornés de statues de Saints jésuites tels Ignace de Loyola, François Xavier et François Borgia.
L'intérieur de la cathédrale, de forme rectangulaire et sans transept, comprend une seule allée et une chapelle principale, tandis que les murs latéraux abritent une série de petites chapelles ornées de retables.
L'église devient le siège de l'archidiocèse de l'État de Bahia en 1676. Lorsque les Jésuites sont expulsés par un décret du pape Clément XIV en juillet 1773, le bâtiment devient la Cathédrale de Salvador.
Plusieurs architectes se sont inspirés de la façade et du plan de la Cathédrale de Salvador pour concevoir le schéma d'autres églises du nord-est du Brésil, comme celle de Sao Francisco de Salvador.
Les retables des chapelles témoignent de la qualité des sculptures et des peintures effectuées entre le 16ème et la première moitié du 18ème siècle. Deux retables de style Renaissance, provenant de l'ancienne église des jésuites, sont réutilisés dans l'édifice actuel.
Les salles du 17ème siècle sont des exemples du maniérisme, tandis que celles du 18ème siècle sont conçues dans le style baroque.
La voûte en berceau qui couvre la nef de la cathédrale est ornée de l'emblème des Jésuites « IHS » et comprend des panneaux de bois datant du 18ème siècle. Le plafond est agrémenté de motifs maniéristes et de portraits de jésuites célèbres.
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