L'île de Mozambique est peuplée depuis l'an 200, mais la ville fortifiée n'est construite qu'à partir de 1498, date à laquelle Vasco de Gama y débarque. Elle ne cesse alors de se transformer et d'évoluer jusqu'à son déclin, vers la fin du 19e siècle.
Bordée d'une bande de corail et d'épais bancs de sable, l'île de Mozambique est reliée au continent par une jetée longue de 4 km.
La ville fortifiée est un complexe architectural qui porte l'empreinte de plusieurs civilisations. La prédominance de la pierre traduit une influence portugaise tandis que le style du mobilier et de l'ébénisterie reflète un héritage indien. La population locale est d'origine swahilie et l'islam est sa réligion, malgré l'existence de nombreux édifices chrétiens.
La cité comprend deux principales fortifications militaires, ?uvre des Portugais établis dans l'île au 16e siècle. Le fort Saint-Sébastien, situé au nord, est une vaste construction quadrilatère dont les murs sont blanchis à la chaux. Le fort Saint-Laurent est bâti sur un îlot rocheux faisant face au cimetière, au sud de la ville.
Dans le centre-ville trônent la place des Riquechos, sortes de pousse-pousse utilisés jusqu'en 1974, un hospice datant du 19e siècle et le palais Saint-Paul. Celui-ci est un imposant collège jésuite construit au début du 17e siècle. Incendié par les musulmans en 1670, il est reconstruit dans un style baroque cinq ans plus tard. Il sert de palais et de résidence gouvernementale jusqu'à la fin du 19e siècle et abrite aujourd'hui le musée municipal de l'île.
Parmi les plus remarquables monuments religieux figure l'église Notre-Dame de Balnarte, construite en 1522. C'est la plus vieille église de tout le Mozambique, assez bien conservée malgré des années d'abandon.
Le couvent Saint Dominique, construit en 1580 à proximité du fort Saint-Sébastien, est détruit en 1608 par les Hollandais. Reconstruit quelques années plus tard, il sert de point de ralliement aux missionnaires en partance vers le Zambèze et Madagascar. Il devient ensuite un hospice, puis une fabrique de tissus et un tribunal de commerce, avant d'abriter une école, fonction qu'il continue à remplir aujourd'hui.
Un vieux monument aux morts, construit en 1724 dans le cimetière SaintGabriel, est dédié aux marins portugais décédés sur l'île de Mozambique. Il existe également un ancien cimetière marin, réputé être le plus riche du monde en terme d'épaves. Ces dernières s'y accumulent depuis le 16e siècle.
Des Bantous d'origine saharienne s'installent sur l'île de Mozambique vers 200 et en chassent les Hottentots et les Bochimans, qui migrent alors vers le désert du Kalahari. En 750, les Arabes débarquent de l'Océan Indien et instaurent les premiers comptoirs commerciaux de l'île.
En 1400 naît le royaume Monomotapa, fief du grand empire du Zimbabwe. En mars 1498, Vasco de Gama arrive à son tour. La domination portugaise commence alors. En 1608, les Portugais repoussent une tentative d'invasion hollandaise et décident de fortifier la ville. À la même époque, la traite d'esclaves vers le Brésil vient s'ajouter à l'exploitation des mines d'or initiée par les Portugais.
En 1752, l'île de Mozambique devient la capitale de la colonie, statut qu'elle perd en 1898 au profit de la ville de Laurenço-Marquès. L'abolition de l'esclavage, qui intervient à la même période, amorce l'abandon progressif de l'île.
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