Il est probable que la région abrite un centre de la civilisation perse dès le VIe siècle av. J.C. La ville passe par la suite sous la domination d'Alexandre le Grand, puis de la dynastie séleucide et enfin de l'empire kushan.
Passage privilégié de la route de la soie, la ville connaît une longue période de prospérité et de pluralisme religieux jusqu'à la bataille de Talas, évènement marquant le début de l'ère islamique.L'âge d'or de Boukhara commence en 850, alors que la ville est la capitale de l'empire samanide dont elle devient le centre intellectuel et spirituel. C'est à cette époque que débute la construction des nombreux édifices du culte islamique, que les visiteurs peuvent encore contempler aujourd'hui.
Ce patrimoine religieux et culturel attire alors de nombreux érudits et intellectuels et voit notamment la naissance d'Avicenne.
Le centre historique de Boukhara abrite plus d'une centaine de monuments s'offrant au regard émerveillé du visiteur.
Le plus imposant est sans conteste la forteresse d'Arq, dont la construction remonte probablement au début du millénaire. À l'époque, c'est une véritable citadelle dotée de palais, de mosquées, de bureaux administratifs, de casernes et même d'une prison, le tout réparti une surface d'environ 34 500 m2.
De puissantes murailles protègent le complexe, résidence des seigneurs de Boukhara. L'enceinte abrite un musée, permettant de redécouvrir l'histoire de la région au travers de près de 100 000 objets.
Le Liabi-Khaouz, littéralement « l'ensemble près de l'étang », est souvent considéré comme le centre de la vieille cité. Aujourd'hui, seules trois constructions subsistent de ce superbe complexe architectural : la madrasa Kulkedash, la madrasa Nadir Devanbegi et celle de khanqah Nadir Devanbegi, qui datent toutes les trois du XVIe siècle.
Ces édifices religieux sont tous richement décorés.
Le mausolée d'Ismaël Samani vaut lui aussi le détour. Chef-d'?uvre de l'architecture d'Asie Centrale, il abrite les restes du premier souverain de la dynastie samanide. La bâtisse, qui peut sembler assez basique de loin (un modeste cube surmonté d'un dôme) est en fait une délicate composition de briques finement ouvragées.
La beauté et la richesse de Boukhara ne sauraient cependant être ramenées à ces quelques bâtiments, auxquels on pourrait rajouter le majestueux minaret Kalyan avec ses 46 m de haut, ainsi qu'une multitude de mosquées ou de madrasas.
C'est bel et bien l'unicité et la cohérence de l'urbanisme des nombreux édifices d'époque qui confère à la vieille ville son atmosphère si particulière.
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