L'édifice a été construit au cours du XIVème siècle dans un style propre à la région de Marzovie, en Pologne. Il a par la suite été reconstruit à plusieurs reprises, notamment après les dégâts causés par la seconde guerre mondiale durant l'occupation allemande. La dernière reconstruction de la cathédrale, a eut lieu au milieu du XIXème siècle. Pour l'aspect extérieur de l'édifice, les architectes se sont basés sur des illustrations de l'ancienne cathédrale datant du XVIIème siècle.
La cathédrale est connue pour être la plus ancienne de la capitale polonaise. Elle affiche une architecture de style gothique agrémentée d'éléments datant de l'époque romane. La base du clocher, entre autres, porte les marques du style roman.
En 1764, le roi Stanislas II de Pologne a été le dernier roi couronné dans la cathédrale. En 1791, une nouvelle célébration officielle a eu lieu dans la cathédrale lorsque Stanislas II a prêté serment à la constitution devant Dieu.
Lors de la Seconde guerre mondiale, la cathédrale a subi de très nombreux dégâts. Comme le reste de la ville, elle a été détruite par les troupes allemandes en 1944.
Pour son intérêt culturel, la cathédrale Saint Jean, tout comme le centre historique de Varsovie, a été classée au Patrimoine mondial de l'Unesco à partir de 1980.
De nombreux éléments de l'intérieur de la cathédrale ont été détruits lors du bombardement par l'armée allemande du 17 août 1944. Avant sa destruction, elle abritait entre autres, une admirable peinture de Vierge à l'enfant qui avait été réalisé en 1618.
Le crucifix en bois qui est situé dans la chapelle Baryczka est considéré comme le plus remarquable élément que contient l'édifice. Il a été installé dans la cathédrale en 1539.
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