C'est en 1829, à Aigina, qu'un musée archéologique national est établi par le Premier Ministre grec, Ioannis Kapodistrias. Sa collection archéologique fait alors l'objet d'expositions itinérantes à travers tout le pays.
En 1858, les autorités lancent un concours architectural international, dont l'objet est la conception d'un nouveau musée. L'emplacement choisi, à Athènes, correspond à celui du musée actuel. Le lauréat est l'architecte Ludwig Lange, mais son plan est réaménagé ultérieurement par les architectes Panages Kalkos, Harmodios Vlachos et Ernst Ziller.
Le financement provient du gouvernement grec, de l'Association Archéologique et de la Communauté de Mycènes. Les travaux s'étalent de 1866 à 1889. Il est d'abord appelé Musée Central, puis Musée Archéologique National d'Athènes en 1881 (nom donné par le Premier Ministre Charilaos Trikoupis).
Entre 1932 et 1939, une aile et un édifice à deux étages sont accolés au musée. La période de 1953 à 1960 est l'occasion d'une nouvelle extension suivant les plans de Patrokolos Karantinos.
Après le séisme de 1999 et une réhabilitation s'étalant sur près de 2 ans, le musée rouvre ses portes en juillet 2004, juste à temps pour les Jeux Olympiques d'Athènes.
Situé dans le quartier Exarhia, au centre d'Athènes, il est bordé par les rues Epirus, Bouboulina et Tositsa. L'entrée se trouve sur l'Avenue Patission près du bâtiment historique de l'École Polytechnique d'Athènes. Son architecture néoclassique s'accorde harmonieusement avec les objets d'art de style classique dont il dispose.
Un grand jardin décoré de sculptures, ainsi qu'une boutique de souvenirs et un café populaire, se trouvent au-devant de l'édifice.
L'aile sud abrite la section épigraphique renfermant la plus riche collection d'inscriptions anciennes au monde. Quant à la bibliothèque, vieille de 118 ans, elle détient d'innombrables publications philosophiques et scientifiques, ainsi que 20 000 ouvrages concernant l'archéologie.
Durant la Seconde Guerre Mondiale, ses antiquités sont mises en caisses, par mesure de sécurité et de conservation. Les expositions ne reprennent qu'en 1945, sous la direction de Christos Karouzos.
Le musée possède ses propres laboratoires de conservation d'archives photographiques et de chimie. Chaque année, il reçoit un grand nombre de conférences portant naturellement sur l'archéologie et organise des expositions temporaires dans ses locaux et à l'étranger.
L'exposition des ?uvres du célèbre sculpteur antique Praxiteles est ouverte depuis juillet 2007.
Le musée contient le prétendu masque d'or d'Agamemnon, la statue de la Vénus Capitoline, une série de vases, une collection de sculptures, des objets résultant de découvertes faites dans l'île de Santorini, des antiquités égyptiennes et celles du Proche-Orient.
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