John Shedd est le directeur des entreprises appartenant au magnat Marshall Field. L'un comme l'autre sont des philanthropes et de grands donateurs. C'est grâce à leur financement que l'aquarium et le musée, qui portent leurs noms respectifs, peuvent enfin voir le jour.
La construction de l'aquarium Shedd commence en 1927 et s'achève en décembre 1929. La veuve de John Shedd l'inaugure en mai 1930. Jusqu'en 1959, le bâtiment est desservi par un train particulier, le Nautilus. Celui-ci est spécialement conçu pour le transfert des poissons, des mammifères marins et des tonnes de litres d'eau de mer nécessaires à leur bien-être.
Bâti dans un style grec classique et de forme octogonale, l'aquarium s'intègre parfaitement aux autres musées du Campus. La façade du corps central comporte un magnifique escalier, dont les marches aboutissent à des colonnes doriques surmontées d'un fronton triangulaire.
Les murs du bâtiment sont décorés de divers motifs aquatiques : carapaces de tortues, dauphins, pieuvres géantes, vagues démontées et tridents du dieu Poséidon.
La section consacrée à l'océan contient le « Whale Harbor » ou le Port des Baleines. C'est un énorme réservoir, d'une capacité de 7,5 millions de litres, adossé à un mur de verre donnant sur le lac Michigan.
L'aquarium contient 25 000 animaux, appartenant à plus de 2 000 espèces différentes. Tout ce petit monde occupe ainsi un espace rempli de 20 millions de litres d'eau.
En 1971, l'aquarium reproduit un récif corallien des Caraïbes. Cette nouvelle exposition assoit sa renommée. Cette même année, il acquiert son premier vaisseau de recherche, un bateau de 23 m. Son équipage est chargé d'une étude sur la faisabilité d'une collecte de spécimens d'animaux issus de la mer des Antilles. En 1985, un tout nouveau navire, le Coral Reef II, est mis à la disposition des chercheurs.
Le département océanique est ouvert en 1991, abritant de nombreux mammifères, tels que des dauphins à face blanche du Pacifique et des bélugas. En 2006, la baleine Puiji donne naissance à un baleineau femelle appelé Bella. En 2007, c'est Mauyak, un autre cétacé, qui engendre un petit mâle.
L'Aquarium a recueilli un groupe de loutres de mer, sauvées lors de la marée noire de l'Exxon Valdez en 1989.
Les diverses expositions de l'aquarium, intitulées la symphonie des Hippocampes en 1999, l'Amazon Rising en 2001 et le Wild Reef en 2004, ont été toutes primées par l'Association américaine des Zoos et des Aquariums (AZA).
Un poisson de la famille des Ceratodontidae surnommé « pépé », ayant rejoint la collection lors de la foire mondiale de 1933, est considéré comme le plus vieux poisson de son espèce, vivant dans un aquarium public.
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